故事以架空设定的农学院为舞台，讲述一个东京农业大学的学生小文在学园里的日常生活。但是他拥有可以看见常人看不见的“菌”的特异体质，而且能够听懂“菌语”......这种能力在小文所从事的领域简直可以称为“媲美3亿元电子显微镜的能力”，引起骚动也在情理之中。作者用平缓的笔触向我们展现了与我们人类共存的“菌世界”